Diese Fehlbildung hat verschiedene Auswirkungen, je nachdem, wo der Schaden liegt und in welchem Ausmaß Rückenmark und Nervenwurzeln beeinträchtigt sind. Es spielt auch eine Rolle, ob eine vollständige oder nur teilweise Schädigung der Nerven vorliegt. Nervenimpulse erreichen ihr Ziel nicht auf normalem Wege. Das hat Funktionsstörungen der Muskeln mit Lähmungen, eingeschränkter Mobilität, Taubheitsgefühl und schlechter Blutzirkulation in den Beinen zur Folge und erhöht das Risiko von Knochenbrüchen. Viele dieser Menschen sind auf den Rollstuhl angewiesen und es kann zu Fehlstellungen der Hüftgelenke, der Beine und des Rückens kommen. Ein Neuralrohrdefekt schränkt nicht nur die Mobilität ein, sondern wirkt sich auch auf verschiedene andere Körperfunktionen aus. Unter anderem ist bei 80% bzw. 90% der Kinder mit NTD die Nervenfunktion der Blase bzw. des Afterschließmuskels betroffen.
Bei über 80% der Kinder mit NTD entwickelt sich ein Hydrocephalus, d.h. die im Gehirn produzierte Flüssigkeit kann nicht abfließen. Die Flüssigkeit bleibt in den Hohlräumen des Gehirns und übt auf den noch weichen Schädelknochen des Babys einen Druck aus, sodass dieser sich ausdehnt und der Kopf sich vergrößert. Dies kann durch einen chirurgischen Eingriff behandelt werden, indem eine Ableitung, ein sogenannter Shunt, geschaffen wird, der aus einem dünnen Schlauch mit einem druckausgleichenden Ventil besteht. Die angeborene Gehirnveränderung und der Druck, der auf das Gehirn ausgeübt wird, können manchmal zu verzögerter Pubertät und verminderter Feinmotorik führen, aber auch typische kognitive Probleme wie eingeschränkte Gedächtnisleistung, Schwierigkeiten beim Erkennen von Konsequenzen und Antriebslosigkeit mit sich bringen.